他还大量阅读国内外文献资料，将当时认为有效治疗神经质的各种方法加以分析、总结，并逐一进行实践验证。例如催眠疗法，森田正马是位研究催眠术的著名专家，但他认为催眠疗法不能根治神经质，精神分析也不能根治神经质，他还与当时日本著名精神分析大家丸井清泰教授进行了曾经轰动世界的大辩论。
森田正马给神经质患者服用过溴剂，这是巴甫洛夫治疗神经症的方法，也曾给患者服用磷、锌、砒霜等，也注射核素酸钠、林格氏液及各种脏器制剂等，后来经多方验证，确认这些药物对神经质都没有多大治疗效果。他还应用当时流行的
心理治疗方法，如：说服疗法、安静疗法、生活正规疗法、作业疗法、卧床疗法等，对患者进行的这些治疗，均无明显疗效。
森田正马并不是一开始就主观臆断地认为自己的疗法确实有效，而是将上述心理疗法的合理成分进行有效的组合，经过反复实验、不断摸索、总结经验，直到治疗成功。他以自己发现的治疗原理为宗旨，最后提出了独树一帜的
心理咨询疗法。常言道：久病成良医。这在森田正马身上得到了验证。
1919年，为实践其心理疗法，森田正马让一名神经症患者住到自己家里，同家人共同努力，治疗这位病人，患者经过一个月的治疗，就奇迹般地得以治愈。
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